Η κύρια πλοκή ξεδιπλώνεται γύρω από την αναζήτηση και την ανάκτηση ορισμένων τεχνημάτων που δημιουργήθηκαν από τον Milo Rambaldi, έναν πλασματικό, εφευρέτη στο στυλ του Λεονάρντο Ντα Βίντσι και μια προφητεία από την περίοδο της Αναγέννησης
Sydney Bristow, an agent who has been tricked to believe she is working for the U.S. government, is actually working for a criminal organization named the Alliance of Twelve. Upon learning this, Sydney becomes a double agent for the real CIA.